短尾蝮蛇线粒体基因组全序列分析
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陈念 赖小平 广州中医药大学中药学院;
【摘要】参照近缘物种的线粒体基因序列设计并筛选得到8对引物,结合TA克隆和步移测序获得了全长17227bp的短尾蝮蛇线粒体基因组全序列.与多数蛇类线粒体基因组类似,其共编码包括13个蛋白、2个rRNA和22个tRNA在内的37个基因,另外还包含2个非编码的富含AT的控制区.基因间排列紧凑,多数基因间间隔极短甚至发生重叠.除nad1、cox1和nad3外,多数蛋白编码基因均以ATG作为起始密码子,终止密码子的使用则存在TAA、AGA、AGG和不完全的T4种情况.基于合并的19个tRNA基因序列组合数据采用NJ、MP和ME3种算法对21种蛇进行了初步的系统发育分析,结果表明,各主要分类单元之间的亲缘关系与前人基于形态学、线粒体12SrRNA和cytb基因序列研究的结论完全一致,这证实了基于合并的线粒体tRNA基因序列进行蛇类物种DNA分子系统学研究的可行性.
【关键词】 短尾蝮蛇 线粒体基因组 序列分析 系统发育
【基金】国家自然科学基金资助项目(K1060015)
【分类号】Q78
短尾蝮蛇(Gloydius brevicaudus)属于有鳞目(Squamata)、蝰科(Viperidae)、蝮亚科(Crotali-nae)、亚洲蝮属(Gloydius),是我国分布最广、数量最多的一种小型毒蛇,也是造成蛇伤的主要蛇种[1].短尾蝮蛇的主要特征为头部呈三角形,有颊窝,体形较小,尾较短细,体背灰褐色或土红色,体
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摘要：参照近缘物种的线体基因序列设计并筛选得到8对引物。结合TA克隆和步移测序获得了全长17227hp的短尾蝮蛇线粒体基因组全序列，与多数蛇类线粒体基因组类似，其共编码包括13个蛋白、2个rRNA和22个tRNA在内的37个基因，另外还包含2个非编码的富含AT的控制区，基因间排列紧凑，多数基因间间隔极短甚至发生重叠，除nad1、cox1和nad3外，多数蛋白编码基因均以ATG作为起始密码子，终止密码子的使用则存在TAA、AGA、AGG和不完全的T4种情况，基于合并的19个tRNA基因序列组合数据采用NJ、MP和ME3种算法时21种蛇进行了初步的系统发育分析，结果表明，各主要分类单元之间的亲缘关系与前人基于形态学、线粒体12SrRNA和cyt6基因序列研究的结论完全一致。这证实了基于合并的线粒体tRNA基因序列进行蛇类物种DNA分子系统学研究的可行性，关键词：短尾蝮蛇；线粒体基因组；序列分析；系统发育
中图分类号：Q343.11 文献标识码：A 文章编号：1007-7847(2010)03-0189-06
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