直系同源基因的识别方法与数据库
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2013年3月1日
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杨婧 黄原 汪晓阳 陕西师范大学生命科学学院;
【摘要】直系同源(orthology)是指由于物种形成事件而享有共同祖先的基因之间的关系,直系同源基因之间通常具有相似的结构和生物学功能.由于基因组和转录组序列的快速积累,精确的识别直系同源基因有助于功能基因的注释,比较和进化基因组学研究.综述了现有的识别直系同源基因的主要方法,并列举了由此构建的数据库.这些方法可以归纳为三大类,第一类是基于序列相似性的方法,具有识别速度快以及灵敏度高等优点;第二类是基于构建系统发育树的方法,具有准确性高和信息量大等优点;第三类是将上述两种方法结合起来的混合方法,更好地平衡了灵敏性和准确性.最后总结了识别过程所面临的问题.
【关键词】 直系同源 直系同源识别 数据库
【基金】国家自然科学基金资助项目(31172076;30970346)
【分类号】Q75
近年来,随着第二代测序技术的快速发展,测序数据急剧增加.因此,需要更多的生物信息学方法对其进行分析研究.由于直系同源基因之间具有相似的生物学功能,它的识别对于分析生物的系统进化以及预测新基因与蛋白质的功能至关重要.基因之间的同源关系主要包括两种类型:直系同源(ort
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