五种裂腹鱼亚科鱼类外胚层发育不良因子A受体基因Edar的克隆和序列分析(3)
2结果2.1测序结果和序列比对
本实验获得5种裂腹鱼的Edar基因CDS片段长度为585~612bp,其中青海湖裸鲤的序列最长(612bP),异齿弓鱼的序列最短(585bp)。翻译成氨基酸后,本研究获得的序列对应EDAR蛋內的跨膜区和死亡结构域之间的区域,与斑马鱼相比,裂腹鱼的序列中具有不同程度的插入缺失(图1)。此外,该基因在异齿弓鱼、双须叶须鱼和高原裸裂尻鱼分别存在两种单倍型(见表1,分别编号为1和2)。值得注意的是,与其他几种硬骨鱼相比,裂腹鱼类在该蛋白的一处低复杂区域存在不同长度的组氨酸(His,H)插入,其中异齿弓鱼无插入,双须叶须鱼插入1或3个,其他裂腹鱼类插入3-5个。
2.2基因树的构建
基于获得的序列联合其他已知的硬骨鱼Edar序列,进行最大似然方法和贝叶斯方法的基因树构建,结果显示两种方法得到的基因树结构一致(图2),且节点处的贝叶斯后验概率(bayesianposteriorprobability ......
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