除此之外，肿瘤细胞修复受损的DNA，防止细胞凋亡和坏死，从而产生耐药性，也可能依赖于细胞自噬的介导。通过小分子RNA干扰DNA修复相关的RAD51的表达，可增强吉西他滨(geindtabine)即2，2-二氟脱氧胞嘧啶核苷对人非小细胞肺癌细胞的敏感性；同样，利用ERK1/2的抑制剂U0126或PI3KCⅢ的抑制剂LY-294002也可下调吉西他滨诱导的RAD51的表达，增强细胞对药物的敏感性[46]。可见，细胞自噬可能是肿瘤细胞针对抗癌药物产生耐药性的一个普遍机制或诱因。通过细胞自噬抑制剂，可克服自噬产生的耐药性，增强细胞对抗癌药物的敏感性，期望达到彻底消灭肿瘤细胞的目的。大量实验证明，无论是通过基因敲除、沉默还是用药理学抑制剂处理，抑制细胞自噬，可以极大地增强细胞对抗癌药物和放疗的敏感性，使细胞发生凋亡和坏死。不同的自噬抑制剂抑制细胞自噬通过不同机制：例如，通过细胞自噬抑制剂或RNA干扰自噬相关基因的表达而抑制自噬，可以增强慢性骨髓细胞性白血病对抗肿瘤药物苯磺酸伊马替尼(I-inatinibmesylate)的敏感性[47] ......