使用Protein Blast软件对斑马鱼TBP进行同源性分析，数据显示，非洲爪蛙、小鼠、牛、人TBP与斑马鱼TBP进行比较时，比对序列覆盖范围(Query cover)分别是100%、100%、100%、75%；在此基础上的序列相似性(Identity)分别为88%、86%、85%、93%，；利用ClustalX2.1程序对斑马鱼TBP与非洲爪蛙、小鼠、牛、人TBP序列进行多重比对，发现各物种问多聚谷氨酰胺区如图1。结果显示，由低等物种到高等物种，TBP多聚谷氨酰胺区谷氨酰胺氨基酸残基数量在进化过程中不断增加，推测谷氨酰胺区的长度与TBP的转录调节能力呈正相关。

    同时在斑马鱼、非洲爪蛙、小鼠、牛、人的TBP比对结果中发现一个长保守区，该保守区位于斑马鱼TBP肽链的C端(114-281aa)，其序列为：PATPASESSGIVPQLQNIVSTVNLGCKLDLKTIALRARNAEYNPKRFAAVIMRIREPRTTALIFSSGKMVCTGAKSEEQSRLAARKYARVVQKLGFPAKFLDFKIQNMVGSCDVKFPIRLEGLVLTHQQFSSYEPELFPGLIYRMIKPRIVLLIFVSGKVVLTGAKVR。使用njplot软件对Clusta1X2.1比对结果产生的系统进化树进行可视化分析，结果如图2。结果显示小鼠、牛、人之间进化距离小于0.012，它们与非洲爪蛙和斑马鱼的进化距离分别为0.043和0.049。2.3斑马鱼TBP保守结构域预测和分析使用NCBI提供的蛋白质保守结构域分析数据库(Conserved domains database)对斑马鱼TBP进行保守结构域分析，结果如图3。结果表明斑马鱼TBP属于TATA结合蛋白超家族，只含有一个保守结构域(125-298aa)，此结构域用于识别转录调控区DNA的TATA框，并且此保守结构域与ClustalX2.1分析得到的保守区位置基本一致(114-281aa)。2.4斑马鱼TBP跨膜区预测和分析使用在线蛋白质跨膜区分析工具TMHMM软件对斑马鱼TBP进行跨膜区分析(图4) 结果显示 ......