基于网络药理学研究薄荷活性成分治疗慢性胆囊炎的作用机制(3)
2.4 蛋白互作网络构建与分析 将上述作用靶点导入String数据库,限定物种为人,获取蛋白相互作用关系,以TSV格式保存其结果。保留node1、noe2、Combined score信息,將这三个信息导入Cytoscape软件绘制蛋白相互作用网络图,见图3,并进行网络拓扑属性分析,见表2。图中节点表示靶点,边表示靶点之间的联系,由图3可见,蛋白互作网络共涉及38个节点,266条边(其中PRSS1,CHRM3与其它靶点无相互作用,故没有在网络中体现)。节点的大小和颜色表示Degree值的大小,节点越大,颜色逐渐变深对应的Degree值越大。边的粗细表示Combine score,边越粗Combine score越大。经计算后可知,平均连接度约为14,平均最短路径长度约为1.71,平均介数约为0.02,平均聚类系数约为0.7。具有高度值(连接度)和介数中心的靶点可被认为是中心靶点,在此网络中,度值和介数中心均超过平均值的有10个,分别是EGFR、MYC、CASP3、CCND1、VEGFA、ERBB2、MDM2、ESR1、IL6、PPARG ......
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