基于网络药理学的畲药“十二时辰”治疗类风湿性关节炎的机制研究(3)
另外,网络的拓扑结构分析结果表明:网络集中度为0.299,网络密度为0.038,网络异质性为1.594,最短路径为2808(67%),节点平均中介中心度为0.044,大于平均中介中心度的节点有10个。这说明“十二时辰”中含有的化合物可能作用于整个生物网络系统,而非单一作用于某一个蛋白靶点,从而提示了“十二时辰”作用的整体性和复杂性。2.4“十二时辰抗RA靶点-人体蛋白”PPI网络构建与分析 以HPRD数据库中获取的人体蛋白互作数据作为背景网络,与21个“十二时辰”抗RA靶点,构建“十二时辰抗RA靶点-人体蛋白”PPI网络,如图2所示。各靶点相应的度值见表4,根据表格可发现靶点Bcl-2、前列腺素 G/H合成酶1和前列腺素G/H合成酶2的度值排名均较靠前,结合2.3进一步证实了这3个靶点在“十二时辰”治疗RA中具有重要作用。
2.5 “十二时辰”抗RA靶点的GO功能富集和KEGG通路注释分析 利用DAVID平台的GO和PATHWAY模块对所预测的“十二时辰”抗RA靶点进行研究。在GO富集分析中,确定了38个GO条目(错误发现率,FDR<0.05),如图3所示。其中生物过程相关条目有22个,涉及炎症反应、凋亡过程负调节、NF-κB转录因子活性正调节、一氧化氮生物合成正调节、细胞对肿瘤坏死因子的反应等方面;分子功能相关条目9个 ......
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