病毒RNA聚合酶的氨基酸序列比较研究证实保守区域有下面三种功能：包括RNA聚合、三磷酸核苷酸 (NTP)结合、模板和产物结合的RNA聚合酶功能；对分子内二级结构或模板 -产物双倍体的RNA进行解链的螺旋酶功能；RNA戴帽的甲基转移酶功能。典型的GDD三肽现在被认为是RNA聚合酶的明显标记，许多情况下，GDD由酪氨酸领头定位在疏水氨基酸的延伸处。(Y)GDD周围的序列在复制阶段相同的每组病毒中具有同源性。复制过程中来源于不同正链和负链病毒的RNA聚合酶，即使在最保守的GDD区也有差异。分段负链病毒的保守序列是SDD，而非分段的负链病毒的则是GDN(Q)。双股病毒的保守序列更接近于正链病毒，被修改成(Y)MDD[27]。

    Poch等认为RNA聚合酶由四个主要的区域组成：A区D*****D为酸性区，B区G***T***(N/E)(S/T)是核苷酸结合的核心区，C区(Y)GDD是催化功能核心区，D区LKR为碱性区。这些区域经常被易变的绞链 (hinges)结构有规则地分隔并联成一个连锁区域[28]。人免疫缺损病毒(HIV)Ⅰ型反转录酶的结构中，保守的(Y)GDD区存在于酶活性中心的β发夹中[29]。Inokuchi等假定这个区参与了金属离子结合于酶催化位置的过程 ......