网络药理学筛选天麻素防治糖尿病的分子机制(3)
2.2 天麻素靶標蛋白通路分析 采用DAVID 数据库对天麻素靶点进行通路富集分析,100个靶标蛋白显著参与102条通路途径(P<0.05),采用R语言的ggplot 2输出20条通路(图1),其中包括胰岛素信号通路(Insulin signaling pathway)、TNF信号通路、胰岛素抵抗等,详见表2。2.3 天麻素靶标蛋白相互作用分析 基于Cytoscape 3.5.1中的Cytohubba模块,对100个靶标基因进行相互作用分析,根据degree(度)的大小,输出前30个靶标基因(表3),颜色越深,靶点越重要。100个靶标蛋白中GAPDH为最关键靶点。
通过靶点相互作用分析,发现GAPDH为核心靶点,将采用分子对接进一步研究。天麻素与GAPDH形成4个氢键:Asp 35,Arg 16,Thr 99,Ser 122;天麻素与氨基酸Phe 37 ......
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