关于少林内功的研究的报道很多，但是，有关少林内功的研究还存在一些问题。如缺乏少林内功作用机理方面的研究，有些许文献对少林内功的作用机理进行阐述，但是多是停留在猜想阶段。比如在对心脏即刻生理效应的影响方面，有人认为锻炼时心脏通过增加每搏输出量来满足机体对氧的需求[19]，而有人认为练功是通过增加心率来满足机体对氧的需求[20]。在对脑血氧影响方面，有人认为“自然呼吸法”使大脑更加合理、经济用氧[4]，而有观点表明少林内功因为动作简单使大脑耗能降低[21]。没有确切的证据表明少林内功的作用机制。此外，多数相关研究集中在10年以前，文献资料比较陈旧，近年来的研究不足；研究和报道多偏于功法有效性证明；研究的关注度不高，研究者多限于高校功法教师，研究对象单一，多为健康的在校推拿专业的大学生；研究设计不符合循证医学原则等。

    可喜的是，研究者已经逐渐意识到了这些问题，有人[22]分析了少林内功锻炼姿势与具体骨骼肉相关性 ......