但是，我国生物医药也面临着新的挑战：首先是资金投入不足，研究开发能力有待加强；第二，跨国公司纷纷在我国设立研究与开发中心，行业竞争不断加剧；第三，我国生物医药产业自主创新能力弱，企业缺乏自主知识产权的核心产品；第四，我国生物医药产业规模较小，龙头企业少，同一产品多个企业重复生产，市场竞争能力不强;第五，我国生物医药产业人才匮乏，特别是缺乏既懂技术又熟悉市场的复合型人才。今后，我国生物医药应该实现由以跟踪为主向加强自主创新转变，切实提高自主创新能力；由以单一技术突破为主向单一技术突破与多项技术集成相结合转变，加速集成创新；由以立足国内市场为主向开拓国内、国际两个市场转变；由以技术突破和积累为主向研究开发与产业化协调发展转变，提高产业竞争能力与效益，推动生物技术产业的发展；由以政府投资为主向政府和企业、社会各界多元化投资为主转变，共同推进生物技术发展的新格局。

    分析生物产业的发展趋势，国家对其整体发展制定了三步走的战略：其一是技术积累阶段，力争在2010年前完成生物技术研究开发整体水平处于发展中国家领先地位，论文和专利数量进入世界前6位，生物产业总产值达到8000亿元左右，其中现代生物产业产值达2000 亿元以上；其二是产业崛起阶段，力争在2015年左右完成，生物技术研究开发整体水平跻身世界先进行列，论文和专利总数均达到世界前3位至4位，生物产业总产值力争达到15000亿元左右，其中现代生物产业产值达到8000亿元；其三为持续发展阶段，在2020年左右完成，届时我国生物技术研究开发与产业化整体达到世界先进国家水平 ......