人抗增殖蛋白1生物信息学分析
氨基酸,基因,1材料与方法,2结果,3讨论
陈 晨,赵小峰(1.徐州市儿童医院超声医学科,江苏221002;2.徐州医学院基础医学院医学生物化学与分子生物学教学实验中心,江苏徐州221004)
人抗增殖蛋白1生物信息学分析
陈 晨1,赵小峰2
(1.徐州市儿童医院超声医学科,江苏221002;2.徐州医学院基础医学院医学生物化学与分子生物学教学实验中心,江苏徐州221004)
目的对人抗增殖蛋白1(PHB1)进行生物信息学分析,预测其结构和功能,为人PHB1的功能研究和利用奠定基础。方法利用生物信息学工具对人PHB1的染色体定位、跨膜区域、空间结构、理化性质和功能区进行预测。结果人PHB1由272个氨基酸组成,其中丙氨酸含量最高。该蛋白等电点为5.57,相对分子质量为29 804.1,分子式为C1331H2154N370O400S2。该蛋白为非跨膜的疏水蛋白,主要由α-螺旋构成。结论人PHB1为细胞膜蛋白超家族成员,发挥相应的生物学功能,也参与了人类许多疾病的发生、发展过程。
人类;计算生物学;序列分析;基因;抗增殖蛋白1
抗增殖蛋白1(prohibitin-1,PHB1)是一种胞内蛋白,因其能阻止细胞周期从G1期向S期转变,抑制细胞增殖和肿瘤细胞生长而得名[1-2]。有研究显示,PHB1是一种多功能蛋白,具有多种生物活性,如参与基因转录调控、作为分子伴侣作用维持线粒体的结构与功能,保护细胞免受氧化应激损伤,介导细胞生长、分化与迁移及在抗凋亡和抗衰老中发挥重要作用[3-5],但其中的分子机制仍不清楚。本研究利用生物信息学工具对人PHB1的染色体定位、跨膜区域、空间结构、理化性质和功能区进行研究,希望为今后深入研究人PHB1在疾病中的作用提供参考。
1 材料与方法
1.1 研究对象 将细胞膜蛋白超家族成员的人PHB1作为研究对象。
1.2 方法 登录NCBI主页进入Entrez网页搜索并下载phb基因家族中人phb1基因和蛋白序列。以获得的人phb1基因和蛋白序列信息为基础,应用pfam、smart、EMBL、Ensembl等数据库对人PHB1的基因结构、理化性质、空间结构及功能进行分析,然后应用STRING交互式数据库构建相关蛋白相互作用网络[6]。
2 结 果
2.1 人PHB1的基因结构 人phb1基因定位于染色体17q21,编码蛋白为 29.804×103(图 1),包含 7个外显子。第1、2外显子组成phb1基因的5′非翻译区 ......
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