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编号:362351
宫颈癌相关基因IRF7的生物信息学分析*
http://www.100md.com 2018年2月28日 现代医药卫生 2018年第3期
信号肽,磷酸化,1材料与方法,2结果,3讨论
     郝玉娟,贾克娟,郭玉琪(.许昌市中心医院妇产科,河南46000;.河南省人民医院妇产科,郑州450003)

    宫颈癌作为女性最常见的恶性肿瘤之一,近年来发病率不断上升[1],由于宫颈癌的发病受到多方面的调控,其发病机制尚未明确,且尚未找到有效的治疗手段,导致宫颈癌的高病死率。从分子水平研究宫颈癌的发病机制,能够为宫颈癌的早期诊断提供有效的支持。朱明玥等[2]利用高通量芯片检测与分析技术,筛选出部分在宫颈癌与正常宫颈中差异表达的基因,其中基因干扰素调节因子7(IRF7)的作用机制尚未明确。由于利用分子生物学试验研究基因IRF7需要耗费较大的人力与物力,而生物信息学作为一门交叉学科,可以有效地对基因IRF7的相关功能进行预测,为进一步深入研究提供理论指导。因此,本文利用生物信息学手段分析基因IRF7,以期为宫颈癌的预防和治疗奠定理论基础。

    1 材料与方法

    1.1 材料 从GenBank数据库中查询到基因IRF7的核苷酸序列,编号为GI:98985818。

    1.2 方法

    1.2.1 基因IRF7及编码蛋白质的基本理化性质分析利用ORFFinder(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gorf/)查找开放阅读框。使用ExPaSy提供的在线软件ProtParam(http://web.expasy.org/protparam/)分析氨基酸的基本理化性质。

    1.2.2 IRF7蛋白质的功能与结构分析 使用InterPro-Scan[3](http://www.ebi.ac.uk/interpro/scan.html)预测蛋白质功能域与结构域,使用Motif Scan(http://hits.isb-sib.ch/cgi-bin/motif_scan/)搜索已知功能基序 ......

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