人源TNF-α蛋白生物信息学分析及相关治疗思路研究*
细胞因子,位点,氨基酸,1材料与方法,2结果,3讨论
蹇艾利,申元英,姜石松,2△(1.云南大理大学基础医学院微生物学及免疫学教研室,云南 大理 671000;2.英国牛津大学肿瘤系,英国 牛津 OX3 7DQ)
肿瘤坏死因子(TNF)是一种多功能细胞因子,既能促进细胞增殖,引起炎性反应;也能杀伤肿瘤细胞[1-2]。TNF由多种细胞分泌,但主要是巨噬细胞和T淋巴细胞,其中单核-巨噬细胞分泌的为TNF-α,也是通常说的TNF;活化T淋巴细胞分泌的淋巴毒素也称为TNF-β。TNF-α是炎性反应中水平最先升高的细胞因子,因被发现其具有诱导实验性癌症快速出血性坏死的能力而命名,对机体生理和病理均有着深刻而多样的影响[3]。TNF-α作为巨噬细胞分泌的多功能细胞因子,在本身具有系统性炎性反应作用的同时,还可作为调节免疫细胞诱导其他炎性细胞因子的表达[4]。在发现TNF-α之初,人们以为发现了对抗肿瘤的重磅治疗手段,然而后来的研究却发现TNF-α不仅不能用于体内肿瘤治疗,反而会引起败血症休克及其他许多急、慢性炎症。TNF-α作为TNF超家族中体现生物学活性的主要成员,参与了多种炎症性疾病[5-6]。关于TNF-α的前期研究表明,TNF-α与不同TNF受体结合后会发挥不同的生物学效应[7]。常见的TNF-α抑制剂包括英夫利昔单抗、阿达木单抗、依那西普和戈利木单抗,通过与TNF-α的高亲和力阻断其与受体的相互作用,进而达到抑制炎性反应的作用[8]。然而,目前对TNF-α的研究大部分聚焦于其作用与信号通路,鲜有相关生物信息分析,并且适当的TNF-α与受体相互作用有助于体内炎症介质的清除,因此,根据对人源TNF-α的生物信息学分析找到新的药物设计靶点至关重要。
1 材料与方法
1.1材料 在Uniprot数据库检索并下载人源TNF-α的蛋白质序列(登录号为P01375)获取人源TNF-α蛋白氨基酸序列。
1.2方法
1.2.1人源TNF-α蛋白质理化性质分析 通过Expasy在线预测网站(https://web.expasy.org/protparam/)预测人源TNF-α蛋白理化性质。
1.2.2预测信号肽、跨膜结构及亚细胞位置 利用在线数据库TMHMM Server V2.0(https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?TMHMM-2.0)分析人源TNF-α跨膜结构域;利用在线数据库SignalP-5.0(https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?SignalP-5.0)预测该蛋白的信号肽序列;利用在线数据库Cell-Ploc(http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/Cell-Ploc-2/)预测人源TNF-α蛋白的亚细胞定位 ......
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