基于16S rDNA序列、MALDI-TOF-MS和VITEK的沙门氏菌和金黄色葡萄球菌的鉴定
全自动,1材料与方法,1菌株,2试剂与仪器,3试验方法,2结果与分析,116SrDNA序列测定,2MALDI-TOF-MS鉴定,3VITEK全自动细菌鉴定系统鉴定
孟令缘,牛沁雅,廉鲁昕,黄巾凌,崔生辉,闫韶飞,李凤琴,杨保伟*(1 西北农林科技大学食品科学与工程学院 陕西杨凌 712100 2 中国食品药品检定研究院 北京 102629 3 国家食品安全风险评估中心 北京 100022)
沙门氏菌(Salmonella)和金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)是常见的食源性致病菌,也是导致公共卫生安全和健康问题的主要微生物种类。准确、高效的微生物鉴定技术是有效控制致病菌传播和预防相关疾病的前提。随着科学技术的高速发展,可供检测人员选择的微生物鉴定方法和技术越来越多。然而,不同方法间的差异常使得鉴定结果的可靠性和准确性受到质疑[1-2]。
目前,微生物的形态学、分子生物学、生理生化和蛋白质谱等特性通常作为检测、分类和鉴定的依据。形态学鉴定简单、快速,然而结果受检测人员主观因素影响较大,对检测人员操作水平要求较高,且不能作为最终评判依据[3-4]。分子生物学鉴定方法具有准确性高、结果稳定、数据库全面的特点,一直被广泛应用于临床、环境及食品微生物鉴定领域。其中,16S rDNA 序列长度适中,有保守区和可变区,是微生物鉴定和分子分型的最优标志物之一[5-6]。VITEK 全自动细菌鉴定系统和API等全自动微生物生化鉴定系统均以微生物的特征性生化反应作为鉴定依据,结果可靠,已被国内外多数政府部门和有资质的检验机构选择[7-9]。然而,全自动生化鉴定设备和配套耗材的经济成本较高,一般实验室难以负担。基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(Matrix-assisted-laser-desorptionionizer time of flight mass spectrometry,MALDITOF-MS)主要依据菌体蛋白质谱,与现有数据库进行比对得到鉴定结果,是20世纪80年代末问世的一项新技术,操作简单、鉴定迅速,为快速、准确的微生物鉴定带来新方向,被广泛应用于临床微生物鉴定。然而,其鉴定结果判断完全依赖于现有数据库,而我国缺少自有数据库的问题一直没有得到解决,导致鉴定结果不够准确[10-11]。截至目前,哪种方法为微生物鉴定的较佳选择尚未定论。
微生物鉴定的时效性、鉴定时间和水平被认为是鉴定方法选择的决定性因素。本研究选用16S rDNA 序列测定、MALDI-TOF-MS 和VITEK全自动细菌鉴定系统3 种方法鉴定沙门氏菌和金黄色葡萄球菌,以期确定一种时效性高的鉴定方法,为微生物参考物质研制奠定基础。
1 材料与方法
1.1 菌株 ......
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