2 结果

    2.1 追寻禽流感病毒基因的变异程度

    Ka/Ks比值分析是一种有效跟踪和比较病毒基因组中有效和无效突变的技术。同义突变增加表明生物选择压力增大，但是同义突变本身并不会改变翻译蛋白质的氨基酸序列。非同义突变则表明蛋白质氨基酸序列会发生改变，病毒可能获得新的抗原特征从而造成爆发流行。本研究中，比较分析A型禽流感所有的8个基因序列可以看出，NS1、HA和NA蛋白的Ka/Ks比值最大(图1)。这说明该三个基因所受到的选择压力最大，是决定病毒流行的主要因素,该发现与已有研究一致。而三者中的HA基因所发生的改变可能使病毒具有了在除鸟类以外的其他物种中传播的能力。因此，HA基因的变异可作为表征病毒传播能力的生物学变化。

    2.2 HA蛋白的系统发育学分析

    利用Jukes-Cantor算法估计氨基酸序列之间的距离，获得16个基因两两间的欧氏距离，总共可以获得120个距离。利用分级聚类的思想对氨基酸之间的相似程度进行比较。可以发现自2003年以来亚洲地区爆发的H5N1型禽流感之间的关系可以表示为一个由30个节点构成的进化树，其中14个节点为分支节点，16个节点为叶子结点。把分支树的前三个节点作为分类标准，可以把所有16种基因分为4类 ......