急性心肌梗死早期基因表达和代谢调控网络扰动的可视化研究(3)
1.2.2 研究分析平台 基于Windows 7(Microsoft,美国)的Matlab 2011b(MathWorks, 美国)工具包bioinformatic tool box;四川省医学科学院 四川省人民医院急诊医学与灾难医学研究所创伤代谢组多学科实验室的数据分析平台。2 结果
2.1 有意义基因波动筛选
首先筛选出转录波动大于1.5次的基因,并从中剔除基因表达轮廓波动过小(基本熵值从属于10百分位以下)的基因。获得1400个发生了有意义波动的基因。利用K-mean聚类算法表明,在损伤后的前48 h,这些基因的表达具有明显的上调或下调。模式聚类可将这1400个基因的表达轮廓划分为以下16类(图2)。
K-mean聚类分析显示总共有16类拷贝数量大于1.5次的基因具有特征性的变化模式(变换模式在具体轮廓上可能代表了相互拮抗或者相互协同的基因变化)
图2 K-均值聚类结果:基因表达模式的16种类型
Fig 2 The K-mean cluster analysis: 16 patterns of gene expression
2.2 主成分分析
主成分分析结果表明 ......
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