第二阶段(2013～2014年)为推广共享、区域卫生信息化逐步推进阶段：完善区域卫生信息省级平台研发工作，完成(除甘孜州、阿坝州外)市州级卫生信息平台建设；城市社区卫生服务中心(站)、农村乡镇卫生院和村卫生室新农合信息系统进行完全整合，四川省基层卫生管理信息系统使用率达到60%以上；开展全省基于健康档案的区域卫生信息平台建设推广工作，城市居民电子健康档案建档率达到100%，农村居民电子健康档案建档率达90%，全省居民健康卡发放率达到40%；全省80%以上的省、市医疗机构(三级)，60%的县医疗机构(二级)完成以电子病历为核心的数字化医院建设，为每个患者建立电子病历；100%的省、市医疗机构(三级)开通远程医疗服务系统；80%的县医疗机构(二级)开通远程医疗服务系统；甘孜、阿坝、凉山等偏远地区50%的县医疗机构(二级)开通远程医疗服务系统；40%的乡镇卫生院和社区卫生服务中心开通远程医学咨询服务；30%的县级卫生局、80%的市级卫生局开通综合卫生管理信息系统 ......