国家疾控公共卫生信息系统的应用架构分为三层，底层是医院信息系统和基本公共卫生服务信息系统，该层利用先进的工作过程构建业务信息系统，也称生产系统。中间层是区域卫生平台，该层是支持业务协同管理的实时监控软件平台，目的是满足辖区内各级各类医疗机构之间的业务协同和基于人群电子健康档案管理和信息共享。上层是综合集成的软件平台，信息从中间层通过业务过程的协同和优化，抽取基本的数据集，满足国家级和省(市)级根据不同的业务管理过程进行动态监测、业务管理和信息服务。三层应用架构是一个横向协同，纵向联动的信息架构，即支撑医院诊断治疗、社区管理服务、疾控监测干预三位一体的协同工作模式。

    数据架构

    要实现纵向的关联和横向的数据交换，疾控业务逻辑的高度统一，就需要建立统一的公共卫生数据采集交换平台，连接不同的平台，支撑不同的业务信息系统的信息采集，这样才能从根本上消除独立条块业务系统、线条对接医院上报数据的诟病。

    区域公共卫生信息化

    区域的公共卫生信息化，目标是构建智慧型的公共卫生系统(以下简称“智慧公卫”)，只有智慧公卫才能促进全民健康保障的可及性，因此智慧公卫是区域人口健康信息化发展的方向，也是公共卫生信息化在区域人口健康信息在建设中的定位，如果方向偏离，将无法实现最终目标。

    智慧公卫是通过打造以动态电子健康档案为基础的区域人口健康信息平台，利用先进的物联网技术，人工智能技术，实现公共卫生服务对象与卫生人员、公共卫生服务机构、数字化设备之间的互动，逐步达到信息化和促进人群健康监测与管理的智能化 ......