乳头状肾细胞癌差异表达基因和通路生物信息学分析(2)
2结果2.1癌与癌旁配对样本差异表达的mRNA
对PRCC标本及癌旁正常组织的mRNA测序数据进行差异基因分析(差异倍数>2并且FDR校正后P值<0.01),筛选4 639个差异表达的基因,在样品中2 638个mRNA转录物被上调并且2 001个mRNA转录物被下调。火山图见图1。其中,PRCC及其癌旁正常组织中50种最具有表达差异的mRNA(从倍数变化最大到最小列出)见表1。
利用在线基因功能分类工具(https://david.ncifcrf.gov/gene2gene.jsp),基于功能相似性对筛选出的50种最具有表达差异的基因进行分组。上调组筛选出1个功能相关基因组,基因为SIGLEC8、CNTN6、VSTM2A、VSTM2L。下调组筛选出2个功能相关基因组,其中一个基因组为SLC34A3、SCNN1B、SLC22A8、SLC9A4、SLC12A1,另外一个基因组为AQP2、MUC15、SLC22A8、SLC14A2。检索相关文献,我们发现SIGLEC8表达的增强预测了PRCC病人的不良预后[10]。另外,MUC15在PRCC中的表达降低[11] ......
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