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编号:13541064
乳头状肾细胞癌差异表达基因和通路生物信息学分析(1)
http://www.100md.com 2019年8月1日 《青岛大学学报(医学版)》 20194
乳头状肾细胞癌差异表达基因和通路生物信息学分析,基因本体,信号通路,遗传关联研究,计算生物学
     [摘要]目的探讨生物信息学分析对乳头状肾细胞癌(PRCC)差异表达基因和通路的意义。方法分析癌症基因组图谱(TCGA)数据库中PRCC的RNA测序数据,应用生物信息学分析筛选差异表达基因,并对候选基因依据功能和信号通路进行富集分析。结果 分析TCGA中PRCC和癌旁正常组织的RNA测序数据,筛选4 639个差异表达的基因。对筛选差异表达基因进行基因本体及代谢通路富集分析后得到818个基因本体术语(GO terms)和110条信号通路术语(pathway terms)。结论 运用edgeR包以及基因本体及信号通路分析,筛选了PRCC与癌旁正常组织差异表达基因及富集的信号通路。

    [关键词]癌,肾细胞;基因本体;信号通路;遗传关联研究;计算生物学

    [中图分类号]R730.26[文献标志码]A[文章编号] 2096-5532(2019)04-0402-05

    [ABSTRACT]ObjectiveTo explore the significance of bioinformatics in the analysis of differentially expressed genes and pathways in papillary renal cell carcinoma (PRCC).MethodsThe RNA sequencing data of PRCC in the Cancer Genome Atlas database (TCGA) were analyzed. Differentially expressed genes were identified by bioinformatics analysis ......
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