EB病毒相关伯基特淋巴瘤差异基因表达分析(1)
EB病毒相关伯基特淋巴瘤差异基因表达分析,疱疹病毒4型,生物信息学
[摘要] 目的 從分子层面分析EB病毒(EBV)相关伯基特淋巴瘤(BL)的差异表达基因(DEGs),为其诊疗提供新的思路。方法 从美国国立生物技术信息中心(NCBI)获取EBV阳性与阴性BL相关基因芯片数据集GSE100458。通过morpheus筛选出DEGs,分别将上调和下调基因输入Database for Annotation Visualizationand Integrated Discovery(DAVID)数据库,进行GO分析;进一步采用cytoscape筛选出10个TOP基因,实时荧光定量PCR方法验证其在EBV阳性与阴性BL细胞系中表达情况。结果 分析EBV阳性和EBV阴性的BL细胞系的前400个DEGs,包括200个上调基因和200个下调基因,上调基因主要集中在生长因子活性通路、肝素结合通路、细胞外间隙通路;下调基因主要集中在伽马微管蛋白结合通路、内质网膜通路、逆行性小囊泡运输通路 ......
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