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编号:13531606
舌鳞状细胞癌差异表达基因的生物信息学分析(2)
http://www.100md.com 2019年10月1日 《青岛大学学报(医学版)》 20195
     2.4 蛋白相互作用网络分析

    设置最低要求的相互作用分数为0.4,得到297个共同DEGs编码蛋白的相互作用关系图(图2)。采用 Cytoscape_v3.6.1 软件的插件MCODE对该蛋白相互作用网络进行分析,得到了由34个共同DEGs构成的核心模块(图3)。对该核心模块进行GO和KEGG分析,发现其参与的重要BP主要是细胞黏附、正向调控基因表达作用,参与的主要信号通路有代谢和PI3K-Akt信号通路等。利用 Cytoscape_v3.6.1 软件插件 cytohubba,采用Degree算法得到25个在共同DEGs编码蛋白相互作用网络中的关键节点基因(图4)。

    2.5 生存分析

    利用KM plotter网上分析工具分析关键基因表达与头颈部鳞癌病人生存期的相关性,结果显示,THBS1(HR=1.19~2.42,P<0.01)、CRP(HR=1.70~2.03,P<0.01)、HMMR(HR=1.10~1.88,P<0.01)、TFPI2(HR=1.00~1.73 ......
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