动脉粥样硬化生物学标志物生物信息学技术分析(2)
比例为29∶5,平均年龄为(70±10)岁,患有慢性肾脏疾病、糖尿病、自身免疫性疾病和正在进行类固醇或其他免疫抑制药物治疗的病人均被排除在外。GSE28829来源于马斯特里赫特大学,采用Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array平台,含有14个AS样本和14个正常样本的表达矩阵;该数据集选择的是慕尼黑伊利诺伊州立医院的尸体和血管外科手术切除的颈动脉组织。1.2 差异表达基因筛选及可视化
采用R语言的limma包进行基因的差异表达分析,差异表达基因的筛选条件为差异倍数log fold change>1.5、adjust<0.05;应用R语言的plot数据包进行画图与展示。
1.3 差异表达基因的功能富集分析
使用DAVID在线数据库进行GO基因功能分析[3],并用KEGG数据库进行差异表达基因的通路分析。以P<0.05为具有统计学差异的标准筛选基因并进行可视化展示。
1.4 蛋白相互作用网络分析
本研究使用STRING数据库(http://string-db.org)(版本10.0)进行蛋白相互作用网络分析 ......
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