与TopoⅠ相比，TopoⅡ的功能活性位点研究较少，结构方面的研究多注重与原核生物的TopoⅡ的氨基酸序列比较。通过比较，发现每一个TopoⅡ单体可划分为3个不同区域：C端域、N端域、中部功能域。C端域序列(原核生物的TopoⅡ中没有相对应的同源区域)可变区域富含带电子的氨基酸残基并且有核酸定位的序列以及体内的磷酸化位点，N区域包括前600个与原核生物β亚型同源的氨基酸残基，其中包含与ATP 结合的同源序列，中部的功能域延伸至前1200个氨基酸残基，与原核生物的TopoⅡα亚基同源，其中Tyr804在催化反应中与DNA形成共价键。TopoⅡα和TopoⅡβ在功能上互补，都为哺乳动物的发育所必需，但两者在结构上存在着明显的不同。另外Biersack[16]等还报道哺乳动物细胞中存在小部分以α/β异二聚体存在的TopoⅡ，这使TopoⅡ同型的具体功能进一步复杂化。

    Topo II的催化过程：①酶识别结合到特异DNA 序列上；②切开双链，酶以共价键结合到断裂后产生的5’端； ③DNA 片段横越DNA 主链切开的位点，此过程需结合ATP，但ATP 不水解；④在切开位点上重新连接双链； ⑤与酶结合的ATP酶水解；⑥酶周转 ......