慈禧政变对近代中国的影响难以言喻，包括八国联军攻入北京等许多伤害国族民命的后续事变，都是那拉氏的倒行逆施结出的果实。因此陈寅恪作为历史学者，他不仅有“哀”，其实也有“恨”。所“恨”者，1898年的变法，如果不采取激进的办法，国家的局面就会是另外的样子。他的祖父陈宝箴和父亲陈三立本来不赞成康有为的激进态度，而主张全国变法最好让张之洞主持，以不引发慈禧和光绪的冲突为上策。这就是陈寅恪在《寒柳堂记梦未定稿》第六节“戊戌政变与先祖先君之关系”里所说的：“盖先祖以为中国之大，非一时能悉改变，故欲先以湘省为全国之模楷，至若全国改革，则必以中央政府为领导。当时中央政权实属于那拉后，如那拉后不欲变更旧制，光绪帝既无权力，更激起母子间之冲突，大局遂不可收拾矣。”也就是陈寅恪在《读吴其昌撰梁启超传书后》一文里所说的：

    当时之言变法者，盖有不同之二源，未可混一论之也。咸丰之世，先祖亦应进士举，居京师。亲见圆明园干霄之火，痛哭南归。其后治军治民，益知中国旧法之不可不变。后交湘阴郭筠仙侍郎嵩焘，极相倾服，许为孤忠闳识。先君亦从郭公论文论学，而郭公者，亦颂美西法，当时士大夫目为汉奸国贼，群欲得杀之而甘心者也 ......