microRNAs转录与表观遗传调控的研究进展(3)
2 识别miRNA的启动子和调节元件的方法
2.1 miRNA启动子区域的预测
大多数Pol Ⅱ启动子的算法是建立在DNA序列等物理成分的基础上，如TATA盒。然而，在硅片识别启动子区域和转录因子结合位点序列的特征仍然处于起步阶段。最近的研究表明，沿DNA和组蛋白标记物的翻译位点与基因的转录起始和伸长率密切相关，而且在激活和沉默启动子的分析信号有很大的不同。因此，表观遗传特征较DNA序列特征可提供更多的基因启动子预测信息。例如，启动子区域发生H3K4me3和H3K36me3，往往掩盖了活性表达基因的初级转录。一些有力的实验已被广泛用于揭示哺乳动物细胞组蛋白修饰的基因宽度信号，如在体的全基因组ChIP-seq。ChIP-seq可提供蛋白质-DNA结合事件发生的空间和时间分辨率，提高启动子预测的准确率[16]。大部分完整的全基因组ChIP-seq数据，包括组蛋白修饰，Pol Ⅱ和Pol Ⅲ，转录因子(ENCODE软件提供)，可以从该网站获取(http：//www.genome.ucsc.edu/) ......
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2.1 miRNA启动子区域的预测
大多数Pol Ⅱ启动子的算法是建立在DNA序列等物理成分的基础上，如TATA盒。然而，在硅片识别启动子区域和转录因子结合位点序列的特征仍然处于起步阶段。最近的研究表明，沿DNA和组蛋白标记物的翻译位点与基因的转录起始和伸长率密切相关，而且在激活和沉默启动子的分析信号有很大的不同。因此，表观遗传特征较DNA序列特征可提供更多的基因启动子预测信息。例如，启动子区域发生H3K4me3和H3K36me3，往往掩盖了活性表达基因的初级转录。一些有力的实验已被广泛用于揭示哺乳动物细胞组蛋白修饰的基因宽度信号，如在体的全基因组ChIP-seq。ChIP-seq可提供蛋白质-DNA结合事件发生的空间和时间分辨率，提高启动子预测的准确率[16]。大部分完整的全基因组ChIP-seq数据，包括组蛋白修饰，Pol Ⅱ和Pol Ⅲ，转录因子(ENCODE软件提供)，可以从该网站获取(http：//www.genome.ucsc.edu/) ......
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