miRNA—497与miRNA—195基因簇在宫颈癌组织中的表达及预测靶基因的生物信息学分析
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2014年11月5日
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张蔚 刘珍 胡晓霞 郑文静 曾康康 武汉大学人民医院妇一科;广西壮族自治区人民医院妇科;
【摘要】目的探讨miRNA-497-195基因簇在宫颈癌组织中的表达,并对其预测的靶基因进行生物信息学分析,为miRNA-497-195基因簇在宫颈癌发生中的作用机制研究提供理论基础。方法收集2010年3月~2012年3月在广西壮族自治区人民医院就诊患者的宫颈标本,利用miRNA芯片技术检测宫颈病变组织中miRNA表达谱,用real-time RT-PCR进行验证;采用real-time RT-PCR检测miRNA-497和miRNA-195在宫颈病变组织中的表达情况,并用Spearman法进行miRNA-497与miRNA-195相关性分析。通过生物信息学预测miRNA-497和miRNA-195的靶基因,并对其靶基因进行GO(gene ontology)功能富集分析及信号转导通路富集分析。结果芯片结果显示,宫颈癌及高度鳞状上皮内瘤变中miRNA-195和miRNA-497表现为下调(均P0.05)。real-time RT-PCR结果显示,miRNA-497和miRNA-195在宫颈癌组织中表现为下调,且表达存在显著性相关(r=0.983,P0.05)。miRNA-497和miRNA-195预测靶基因大量重合,且集合功能也大量重合,并富集于细胞周期调控、生物学过程调控、转录调控、基因表达及核苷酸代谢过程等生物学过程,以及蛋白结合、核酸结合、蛋白激酶活性、连接酶活性等分子功能(P0.01);KEGG通路分析涉及癌症通路、p53信号通路、GnRH信号通路、细胞外因子信号通路等信号传导通路及直肠癌、前列腺癌、甲状腺癌、黑色素瘤、慢性粒细胞性白血病、非小细胞肺癌等疾病通路(P0.05)。结论 miRNA-195和miRNA-497在宫颈癌组织中呈现低表达,二者表达呈显著正相关,miRNA-497-195基因簇可能是宫颈癌的抑制因子。miRNA-497和miRNA-195预测靶基因功能大量重合,并显著富集在与肿瘤发生相关的信号通路中。
【关键词】 miRNA- miRNA- miRNA--基因簇 宫颈癌 miRNA芯片 靶基因 生物信息学
【基金】国家自然科学基金资助项目(编号81060219) 广西壮族自治区自然科学基金项目(编号2011GXNSFC018018)
【分类号】R737.33
宫颈癌是常见的妇科恶性肿瘤之一,全球每年约有50万的新发病例,约30万的死亡病例。近年来国内外报道宫颈癌发病呈年轻化趋势。目前已知宫颈癌的发生与高危型HPV感染有关。但是研究发现,单一的高危HPV感染不足以引起宫颈癌,遗传因素和免疫因素在宫颈癌的发生中也起了重要作用[1
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