图1 PDF抑制剂actinonin的结构

    组合使用分子动力学(molecular dynamics，MD)模拟和结合自由能计算的方法已经成熟应用于定量描述蛋白-蛋白和蛋白-小分子相互作用模式中[23-29]。为了阐述各个类型PDF蛋白酶抑制剂结合位点的特性，设计了7个PDF(1个PDF1A、3个PDF1B和3个PDF2)与其抑制剂actinonin形成复合物的体系，利用分子动力学模拟和结合自由能计算等方法，定量描述了多种类型PDF蛋白酶抑制剂结合位点的共性与差异性。7个体系是由1个PDF1A(HsPDF-actinonin)、3个PDF1B[包括聚球藻类噬菌体S-SSM7 PDF-actinonin(简称SpPDF-actinonin)、幽门螺杆菌PDF-actinonin(简称HpPDF-actinonin)和拟南芥PDF-actinonin(简称AtPDF-actinonin)]和3个PDF2[包括金黄色葡萄球菌PDF-actinonin(简称SaPDF-actinonin)、嗜热脂肪芽孢杆菌PDF-actinonin(简称BsPDF-actinonin)和蜡样芽孢杆菌PDF-actinonin(简称BcPDF-actinonin)]组成的 ......