2.1 RNA-Seq的技术平台

    NGS已经彻底改变了既往对研究细胞通路的系统分析方法。癌症是一种复杂的疾病，涉及多种异常的基因表达调控。识别这种驱动肿瘤生物学发展的表达模式为我们理解癌症提供了很好的分子基础[14]。NGS的两个主要平台是全外显子组测序(WES)和RNA-Seq。WES主要是用于发现DNA的变异，RNA-Seq主要用于衡量基因的表达。两种技术都可以用于检测基因变异，尤其是单核苷酸变异(SNVs)[15]。鉴于持续降低成本和改进数据分析方法的优势，NGS已经开始直接影响生物医学的发展[16]，其测序步骤依赖于NGS技术。目前使用最广泛并且广受欢迎的应用于RNA-seq的NGS平台有3个，包括454年焦磷酸测序系统、AB固体系统和Illummina基因组分析仪。具体来说，Illumina/Solexa Illumina公司(美国圣地亚哥Illumina公司Inc. CA)平台是基于可逆染料终结合测序原理，而454年和固体系统采用创新型的乳液聚合酶链反应机制。

    RNA-seq也被称为整个转录组鸟枪测序(wts)。RNA-seq包含三个步骤：测序文库的建立，在特定NGS平台中测序和生物信息学分析 ......