人食管鳞癌中CCNYL1启动子区甲基化研究(3)
7例冰冻ESCC样本经RRBS测序得到癌和癌旁DNA甲基化显著差异基因5268个,其中689个差异甲基化区位于Promoter及CDS上。将差异基因用DAVID工具进行功能富集分析,获得15条差异信号通路,包括Notch信号通路、Wnt信号通路及黏着斑信号通路等肿瘤中常见信号通路。见表1。
2.3 RRBS测序与芯片表达谱关联分析
将甲基化差异基因与表达差异基因相关联,获得负相关基因共82个(图2A,封三),异常甲基化在启动子区有29个,其中,CCNYL1甲基化水平差异显著,在癌症数据库中(http://www.cbioportal.org/),CCNYL1基因在EAC中有缺失也有扩增,而在ESCC中未发现异常改变,结合CCNYL1单个DMR甲基化分布(图2B,封三),红色(虚线上部分)代表在ESCC中甲基化水平,绿色(虚线下部分)代表在癌旁中甲基化水平,可看出CCNYL1的启动子区在ESCC中呈现高甲基化。
2.4 BSP验证结果
2.4.1 CCNYL1基因DMR PCR扩增
ESCC与配对癌旁组织基因组DNA提取后 ......
您现在查看是摘要页,全文长 3952 字符。
2.3 RRBS测序与芯片表达谱关联分析
将甲基化差异基因与表达差异基因相关联,获得负相关基因共82个(图2A,封三),异常甲基化在启动子区有29个,其中,CCNYL1甲基化水平差异显著,在癌症数据库中(http://www.cbioportal.org/),CCNYL1基因在EAC中有缺失也有扩增,而在ESCC中未发现异常改变,结合CCNYL1单个DMR甲基化分布(图2B,封三),红色(虚线上部分)代表在ESCC中甲基化水平,绿色(虚线下部分)代表在癌旁中甲基化水平,可看出CCNYL1的启动子区在ESCC中呈现高甲基化。
2.4 BSP验证结果
2.4.1 CCNYL1基因DMR PCR扩增
ESCC与配对癌旁组织基因组DNA提取后 ......
您现在查看是摘要页,全文长 3952 字符。