异常的DNA甲基化通常涉及到肿瘤的发生和发展。一方面抑癌基因启动子区高甲基化将抑制抑癌基因的表达；另一方面致癌基因启动子区低甲基化将导致致癌基因的过度表达。DNA甲基化主要发生在CG二核苷酸(CpG位點)的胞嘧啶残基，含有丰富的CpG位点的基因组区称之为CpG岛。一项针对250 例样本(包括125例食管腺癌，19例巴雷斯特食管症，85例食管鳞癌和21例正常食管组织)全基因组分析得出食管腺癌中基因的甲基化位点和甲基化程度与巴雷斯特食管症类似，但不同于食管鳞癌。食管腺癌和巴雷斯特食管症中基因的甲基化位点组要发生在CpG岛区域，总共有18 575个CpG位点(涉及5538个基因)甲基化水平异常，60%的甲基化异常影响到了基因的表达水平。这些甲基化水平异常的基因包括调控细胞黏附、TGF和WNT信号通路、染色体分离和纺锤体形成等 ......