滇重楼内生真菌多样性分析(2)
1.3 菌株鉴定以《真菌鉴定手册》[13]和《半知菌属图解》[14]为参考,对纯化后的菌株进行基本的分类,包括从菌株的群体形态和个体形态进行比较,具有相似形态的菌株归为同类。
采用CTBA法提取真菌基因组DNA。ITS扩增使用的引物为ITS1(TCCGTAGGTGAACCTGCGG)和ITS4(TCCTCCGCTTATTGATATGC),两者为通用引物,由上海生工生物工程公司合成。50 μL PCR反应体系为:5 μL 5×PCR Buffer,4 μL dNTPs(10 mmol/L),1 μL ITS1,1 μL ITS4,0.3 μL Tap酶,1 μL DNA模板,其余用ddH2O补足,终体积为50 μL。PCR扩增条件为:预变性94℃ 4 min,变性94℃ 1 min,退火56℃ 1 min,延伸72℃ 1 min 30 s,循环32次,最后延伸72℃ 10 min。扩增后送昆明硕擎生物公司测序,测序结果在NCBI的GenBank数据库中通过Blast搜索对比。以相似度最高的序列为参考,并用于系统发育分析 ......
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