急性心肌梗死后心室重构相关基因的生物信息学分析(2)
1 材料与方法1.1 基因芯片表达谱数据
从GEO数据库中下载GSE47495数据集。采用结扎大鼠冠状动脉的方法制作急性心梗的心室重构模型[8],术后2个月根据纤维瘢痕面积≥40%分组,超声心动图检查证实与无心室重构组(n=12)相比,心室重构组(n=5)的左室舒张末压增高[(21.0±0.5) mmHg](1 mmHg=0.133 kPa)、射血分数降低(23±3)%。按照Affymetrix公司的检测方法对左心室组织进行转录表达谱分析。基因芯片的探针注释信息来自GPL6247 [RaGene-1_0-st] Affymetrix Rat Gene 1.0 ST Array平台。
1.2 数据预处理及DEG筛选
首先通过R 3.3.1软件中的Bioconductor程序包对基因芯片数据使用robust multiarray average法进行背景校正、标准化和汇总 ......
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