基于KEGG通路和基因网络对慢性萎缩性胃炎靶点基因的筛选(2)
以“chronic atrophic gastritis”为关键词检索NCBI数据库,选择物种为Homo sapiens,得到36个与CAG相关的基因。1.2 运用DAVID数据库对CAG通路进行分析
KEGG数据库可以分析基因功能、基因组信息,将基因及表达信息作为一个整体网络进行研究。DAVID是一个在线的基因和通路功能注释的数据库[6]。本研究用的DAVID v6.8数据库(https://david.ncifcrf.gov/)。该数据库可以查找基因富集通路的数据,如果要研究与疾病发生关系密切的通路,可以根据P值(P < 0.01)筛选出重要的通路进行重点分析,这样有利于对疾病发病机制的了解,也可以为新药的研究提供可靠的靶点。
1.3 DAVID数据库的操作
将得到的36个基因输入DAVID数据库进行分析,具体步骤如下:①进入DAVID数据库的首页,点击Start Analysis;②在Paste a list里面输入要分析的36个基因;③选择基因ID的类型为“ENTREZ_GENE_ID”;④选择“Gene List”;⑤提交“submit list”;⑥在list中选择物种为“Homo sapiens”;⑦在Background中选择“Homo sapiens”为基因背景 ......
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