基于生物信息学挖掘糖尿病心肌病表达谱芯片(2)
1.5 确定关键基因应用Cytoscape软件中的cytoHubba插件通过MCC、MNC和DMNC算法分别获得了前15位基因,繪制韦恩图后获得关键基因。
2 结果
2.1 糖尿病心肌组织的差异表达基因
通过R语言中的Affy包、Limaa包对原始芯片数据进行标准化后进行差异表达分析,最终获得79个差异表达基因(包括40个上调基因、39个下调基因)。见图1。
2.2 差异表达基因功能和通路途径分析
使用DAVID在线分析软件进行GO分析和KEGG通路分析后,这些差异表达基因在生物学过程中(biological process)主要参与了药物反应等,见图2A;在细胞组件(cellular component)中主要集中在线粒体,见图2B;在分子功能层面(molecular function)主要参与了C3HC4型RING指结构域结合等功能,见图2C;差异表达基因中9个最显著差异的KEGG通路,它们主要集中在金黄色葡萄球菌感染等信号通路 ......
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