基于网络药理学探讨左金丸治疗胃癌前病变机制(2)
1 资料与方法1.1 药物活性成分筛选
将左金丸中黄连、吴茱萸输入中药系统药理学分析平台TCMSP,考虑到中药一般经口服用,根据药物动力学(ADME)的特点将口服利用度(OB)≥30%,类药性(DL)≥0.18作为筛选条件并将获得活性成分。
1.2 药物及GPL靶点筛选
利用TCMSP查询靶点,将所有活性成分的靶点记录下来。Pharmmapper是反向预测对接蛋白的工具,其匹配值(Fit)越高,越有可能成为分子靶点,以Fit≥3为基础选择靶点蛋白。Uniport是目前信息最丰富、资源最广的蛋白数据库,将上述所有靶点输入并选择物种为homo sapiens,获得对应的基因名称,进行基因标记。利用Gene Card获得GPL的靶点。分别将左金丸靶点和GPL靶点比对筛选出共有靶点。
1.3 中药-化合物-靶点、PPI网络构建
String数据库是一个搜寻蛋白质之间相互作用(PPI)的数据库,除了反映蛋白质之间的相互作用外,还常常应用于预测结果。将共有靶点输入数据库,并选择物种为homo sapiens ......
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