Subramanian等对已切除的34例持续性根尖周炎的根尖及其周围的炎症组织样本进行了实时定量PCR检测，并对其中16例进行了16S rDNA克隆测序，得出以下结论：1)切除的根尖样本中细菌的总量远远高于根尖周炎症组织中的细菌总量；2)根尖样本中含有大量尚未培养的细菌。粪肠球菌及洋葱布克菌在所有样本中占主导地位；纤细弯曲菌和格氏链球菌多见于根尖样本；牙缝奇异菌、微小消化链球菌属、链球菌属C8、小杆菌属E2_20 E1及真菌菌株A35MT多见于根尖周组织样本。

    由此可见，采用构建16S rDNA克隆文库的方法所测得的菌群较为全面，敏感性和特异性均较高；但该方法工作量较大，费用高，研究样本量较少。此外，使用该方法分析环境微生物菌群还受到目前基因文库库容量的影响。Kemp等运用多种统计学方法分析比较了文献报道的225个来自多种环境的16S rDNA文库的组成，发现随着库容量的增大，菌群分类单位总是在增加，这一结果说明几乎没有哪一个文库可以完全包括样品中多样性的微生物种类；而且这种实验方法存在16S rDNA通用引物特异性较差以及PCR过程中高浓度模板竞争等问题，导致一些丰度小的菌种可能无法被检测出 ......