目前，唾液蛋白质组学在OSCC诊断中的主要问题是：如何通过唾液蛋白质组技术筛选高风险和癌前病变患者；如何寻找高特异性的标志物或蛋白质组变化。目前的OSCC肿瘤标志物还只停留在研究阶段，没有用于临床诊断，因此要注意加快基础研究向临床应用的转化。

    3.2原发性舍格伦综合征

    pSS是一种主要侵犯唾液腺和泪腺的自身免疫性疾病，目前临床上普遍使用“2002年国际分类(诊断)标准”进行诊断分类，但该诊断标准仍然有许多不足，如部分患者漏诊，尤其是在疾病发展早期阶段症状和体征不明显时，而且临床症状和外分泌腺病关联不大，至今仍没有特异预测疾病结局或疾病复发的指标。目前关于唾液蛋白组学诊断pSS的研究还不多，但已显示了其良好的发展前景。

    Ryu等通过SELDI-TOF-MS和2D-DIGE分析pSS患者刺激分泌的腮腺唾液后发现，β-2微球蛋白、乳铁蛋白、免疫球蛋白轻链K、cys C、溶菌酶C、多聚免疫球蛋白受体(polymeric immuno-globulin receptor，PIgr)明显升高，而淀粉酶、碳酸酐酶Ⅵ及2个推测可能是富脯蛋白的蛋白质明显下降。pSS炎症相关蛋白质增加而腺泡蛋白减少。而Giusti等联合2-DE和MALDI-TOF-MS分析WS后发现，有6种蛋白质仅在pSS患者样本中出现(钙粒蛋白B、亲环素A、脂钙蛋白-1前体、锌-a-2糖蛋白前体、免疫球蛋白K恒定区、磷脂酰乙醇胺结合蛋白) ......