嗜酸氧化亚铁硫杆菌基因组分泌蛋白的初步分析
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赵文杰 曾嘉 柳建设 邱冠周 中南大学资源加工与生物工程学院 中南大学资源加工与生物工程学院 中南大学资源加工与生物工程学院 中南大学资源加工与生物工程学院
【摘要】利用信号肽预测软件SignalP v3.0、跨膜螺旋结构预测软件TMHMM v2.0和非经典分泌蛋白预测软件SecretomeP对嗜酸氧化亚铁硫杆菌全基因组的3218个氨基酸序列进行预测分析。结果表明在嗜酸氧化亚铁硫杆菌中有507个蛋白为分泌蛋白,其中分泌型信号肽120个(其中有9个为RR-motif亚组型信号肽),脂蛋白信号肽3个,Prepilin-like信号肽4个,非经典分泌蛋白380个。并对分泌型信号肽的长度分布、氨基酸使用频率和酶切位点的氨基酸使用频率作了统计。得分最高的100个非经典分泌蛋白中,有36个具有功能分类,主要是参与细胞壁、能量代谢及转运和结合的蛋白质。嗜酸氧化亚铁硫杆菌的这507个分泌蛋白所参与的生化过程可能发生在膜外的周质空间或是菌体外的场所,为该物种与矿物相互作用,以及对环境做出响应服务。
【关键词】 嗜酸氧化亚铁硫杆菌 信号肽 分泌蛋白
【基金】国家“973”基金(2004CB619204) 国家自然科学创新群体基金(50621063)
【分类号】Q93
前言嗜酸氧化亚铁硫杆菌[l]( Acidithiobacillu、望七nUOXjdans)是一种嗜酸、化能自养、革兰氏阴性细菌，广泛存在于生物浸出和酸性矿区场地。该细菌在硫化金属矿的生物浸出l圳、煤炭生物脱硫l4]以及环境污染控制ls]等方面已有广泛的应用。嗜酸氧化亚铁硫杆菌正是利用这种环
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摘要：利用信号肽预测软件 SignalP v3.0、跨膜螺旋结构预测软件 TMHMM v2.0 和非经典分泌蛋白预测软件 SecretomeP 对嗜酸氧化亚铁硫杆菌全基因组的3 218个氨基酸序列进行预测分析。结果表明在嗜酸氧化亚铁硫杆菌中有507个蛋白为分泌蛋白，其中分泌型信号肽 120 个(其中有 9 个为 RR-motif 亚组型信号肽)，脂蛋白信号肽 3 个，Prepilin -like 信号肽 4 个，非经典分泌蛋白380 个。并对分泌型信号肽的长度分布、氨基酸使用频率和酶切位点的氨基酸使用频率作了统计。得分最高的 100 个非经典分泌蛋白中，有36 个具有功能分类，主要是参与细胞壁、能量代谢及转运和结合的蛋白质。嗜酸氧化亚铁硫杆菌的这 507 个分泌蛋白所参与的生化过程可能发生在膜外的周质空间或是菌体外的场所，为该物种与矿物相互作用，以及对环境做出响应服务。
关键词：嗜酸氧化亚铁硫杆菌；信号肽；分泌蛋白
中图分类号：Q933 文献标识码：A 文章编号：1673-6273(2008)01-0022-05
注：“本文中所涉及到的图表、注解、公式等内容请以PDF格式阅读原文。”
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