运用FISH技术将SSR标志定位于染色体上的研究
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陆井元 刘代 吴尚红 胡家金 湖南农业大学生物科学技术学院;
【摘要】目的:运用FISH将SSR标记定位于染色体上,并确定其具体属于哪条染色体。方法:从全基因组测序数据库中挑选SSR标记,再将该序列到Fosmid库中进行序列比对,得到末端序列与SSR序列相同的Fosmid,再利用该Fosmid制作荧光原位杂交的探针,将该探针运用FISH技术杂交到染色体上,同时结合Tpy1,Tpy3序列识别其具体位于哪条染色体上。结果:在荧光显微镜下可以直接观察到探针在染色体上的结合位点,利用相关拍摄软件就可以对其进行拍照。本实验得到了较好的FISH杂交图片,并结合Tpy1,Tpy3成功的将其定于黄瓜五号染色体上。结论:FISH技术可以让人直接观察到探针在染色体上的位置,运用此方法能将可用于进行分子遗传图谱整合的SSR标记准确定位于染色体上。本研究中,在Tpy1,Tpy3探针的帮助下,我们更直接确认了该标记位于黄瓜的第五号染色体上。这使该标记对黄瓜分子辅助育种与黄瓜分子遗传图谱的整合,可以提供直接而有用的帮助。
【关键词】 FISH SSR 染色体 定位
【基金】农业部"948"资助项目(2008-Z42) 中国农科院蔬菜研究所提供序列及基金支持
【分类号】Q78
前言荧光原位杂交(Fluorescence in situ hybridization,FISH)技术是20世纪80年代末在已有放射性原位杂交技术基础上发展起来的一种非放射性分子细胞遗传学研究技术,具有快速、安全、灵敏度高以及探针可长期保存等特点。随后开始被应用于人类基因定位[1-2]。很快该技术在临床
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摘要目的：运用FISH将SSR标记定位于染色体上，并确定其具体属于哪条染色体。方法：从全基因组测序数据库中挑选SSR标记。再将该序列到Fosmid库中进行序列比对，得到末端序列与SSR序列相同的Fosmid，再利用该Fosmid制作荧光原住杂交的探针，将该探针运用FISH技术杂交到染色体上，同时结合Tpy1，Tpy3序列识别其具体位于哪条染色体上。结果：在荧光显微镜下可以直接观察到探针在染色体上的结合位点，利用相关拍摄软件就可以对其进行拍照。本实验得到了较好的FISH杂交图片，并结合Tpy1，Tpy3成功的将其定于黄瓜五号染色体上。结论：FISH技术可以让人直接观察到探针在染色体上的位置，运用此方法能将可用于进行分子遗传图谱整合的SSR标记准确定位于染色体上。本研究中，在Tpy1，Tpy3探针的帮助下，我们更直接确认了该标记位于黄瓜的第五号染色体上。这使该标记对黄瓜分子辅助育种与黄瓜分子遗传图谱的整合，可以提供直接而有用的帮助。
关键词：FISH；SSR；染色体；定位。
中图分类号：Q78 文献标识码：A 文章编号：1673-6273(2009)12-2264-03
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