GSEA在全基因组表达谱芯片数据分析中的应用
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冯春琼 邹亚光 周其赵 李铁求 梁爽 毛向明 南方医科大学基因工程研究所;南方医科大学南方医院口腔科;南方医院泌尿外科;
【摘要】GSEA是一个可下载后免费使用的全基因组表达谱芯片数据分析工具。它根据已有的对基因的定位、性质、功能、生物学意义等知识的基础上,首先构建了一个分子标签数据库,数据库中包含了多个功能基因集。通过分析一组处于两个生物学状态的基因表达谱杂交数据,它们在特定的功能基因集中的表达状况,以及这种表达状况是否存在某种统计学显著性。GSEA是从另一个角度来诠释生物信息,可进一步完善我们对相关生物学事件的认识。
【关键词】 GSEA 基因表达谱 数据分析
【基金】国家自然基金资助项目[No:30772167] 广州市科技计划项目[No:2008J1-C131]
【分类号】Q78
1 GSEA概述基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA)是麻省理工学院和哈佛大学的broad institute研究团队开发的一个针对全基因组表达谱芯片数据进行分析的工具,免费注册后即可进行下载和更新。GSEA提供两个版本GSEA2-2.01和GSEA-P-R[1].1.0,分别采用Java Jar语言
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摘要：GSEA是一个可下载后免费使用的全基因组表达谱芯片数据分析工具。它根据已有的对基因的定位、性质、功能、生物学意义等知识的基础上，首先构建了一个分子标签数据库，数据库中包含了多个功能基因集。通过分析一组处于两个生物学状态的基因表达谱杂交数据，它们在特定的功能基因集中的表达状况，以及这种表达状况是否存在某种统计学显著性。GSEA是从另一个角度来诠释生物信息，可进一步完善我们对相关生物学事件的认识。
关键词：GSEA；基因表达谱；数据分析
中图分类号：Q75，Q78 文献标识码：B 文章编号：1673-6273(2009)13-2553-05
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