粉尘螨变应原第7组分全长基因序列测定与分析
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赵丹 崔玉宝 彭江龙 周鹰 王颖 孙炜 黑龙江省齐齐哈尔医学院病原生物学教研室;盐城卫生职业技术学院病原生物学教研室;海南医学院海南省热带病重点实验室;
【摘要】目的:获得粉尘螨变应原第7组分编码基因并了解其分子特征。方法:根据GenBank已公布的Derf7核酸序列设计引物,用RT-PCR扩增获得其编码基因,插入pMD19-T载体进行序列测定和生物信息学分析。结果:获得Derf7全长基因约642bp,与参考序列(GenBank AY283292)同源性达99.7%%,仅在249位"A→G"和439位"C→T"发生点突变,含1个完整的开放读码框。推测编码蛋白由213个氨基酸组成,信号肽序列位于1-17aa,亲水性指数为0.031,跨膜区域位于171-190aa,二级结构由-螺旋(57.28%)、延伸主链(6.57%)和无规卷曲(36.15%)组成;亚细胞定位于细胞质,含有N-糖基化位点1个(151-154aa),蛋白激酶C磷酸化位点1个(193-195aa),酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点2个(155-158aaand173-176aa),N端酰基化位点1个(97-102aa)。粉尘螨和屋尘螨变应原第7组分氨基酸序列相似度为86%,二者在螨类第7组分氨基酸序列构建出的分子进化树中聚成一簇。结论:获得了Derf7全长基因,为进一步获得其基因工程制品用于临床和实验研究奠定了基础。
【关键词】 尘螨 变应原 基因克隆 生物信息学
【基金】国家自然科学基金(No.30660166,No.30860261) 海南省卫生厅自然科学课题(琼卫2005-6号)
【分类号】Q78
前言国际免疫学会联合会(The International Union of Immuno-logical Societies,IUIS)命名数据库(nomenclature database)已公布21组不同的尘螨变应原,其中第1、2组分为主要变应原,可与50%以上尘螨粗提浸液阳性者血清IgE发生反应,且平均滴度达到50ng/mL以上[1]。第4、5、7组
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摘要目的：获得粉尘螨变应原第7组分编码基因并了解其分子特征。方法：根据GenBank已公布的Derf7核酸序列设计引物，用RT-PCR扩增获得其编码基因，插入pMD19-T载体进行序列测定和生物信息学分析。结果：获得Derf7全长基因约642bp，与参考序列(GenBank AY 283292)同源性达99.7%%，仅在249位“A→G”和439位“C→T”发生点突变，合1个完整的开放读码框。推测编码蛋白由213个氨基酸组成，信号肽序列位于1-17aa，亲水性指数为0.03l，跨膜区域位于171-190aa，二级结构由-螺旋(57.28%)、延伸主链(6.57%)和无规卷曲(36.15%)组成；亚细胞定位于细胞质，含有N-糖基化位点1个(151.154aa)，蛋白激酶C磷酸化位点1个(193-195aa)，酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点2个(155-158aaand 173-176aa)，N端酰基化位点1个(97.102aa)。粉尘螨和屋尘螨变应原第7组分氨基酸序列相似度为86%，二者在螨类第7组分氨基酸序列构建出的分子进化树中聚成一簇。结论：获得了Derf7全长基因，为进一步获得其基因工程制品用于临床和实验研究奠定了基础。
关键词：尘螨；变应原；基因克隆；生物信息学
中图分类号：Q78 文献标识码：A 文章编号：1673-6273(2009)16-3014-06
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