生物样本库中血液样本microRNA和DNA的检测方法学探讨
血样,血凝,1材料与方法,2方法,2结果,1血清中miRNA的相对定量表达情况,2血凝块DNA的完整性鉴定,3讨论
蒋超,曹日昇,陈俊娣,石厚霞,黄娟,刘翠萍我院生物样本库主要收集和存储肿瘤患者的血样和组织及相关的信息,其功能是为肿瘤临床和基础研究提供合格的研究对象。生物样本库是今后精准医疗不可缺少的重要组成部分,其在肿瘤疾病预测、诊断及治疗上变得极为重要[1-2]。有研究表明[3-5],很多肿瘤患者的外周血清或血浆中都具有特异性的循环 miRNA 的表达,血清或血浆中特异性的 miRNA 具有作为肿瘤标志物的可能。胃癌患者中 miR-378 以及肝癌患者中 miR-21 的表达都已成为标记物。这些研究充分证实,血清及血浆miRNA 的测定是一个检测癌症生物学标志物很有前途的领域。近年来,人类已进入后基因组时代,需要对个体遗传差异进行研究。这种研究需要从生物血液样本中提取 DNA,因此血样样本作为生物样本库中的重要组成部分,其保存和提取的质量直接关系到后续的科学研究的结果。目前国内大部分的生物样本的质控主要围绕冻存组织的蛋白质量或者 RNA 完整性的研究,有关样本库中的血样标本中 miRNA 检测以及血凝块中 DNA 质量的检测尚未见报道。本文随机抽取血浆标本进行了包括血浆中 miRNA 以及血凝块 DNA 的提取方法的摸索,进而建立一套生物样本库中较为规范的血样的质控体系。
1 材料与方法
1.1 材料
1.1.1 研究样本 随机选取 2012 – 2014年来自南京医科大学第一附属医院生物样本库,–80℃低温冰箱中冻存的胃癌、肝癌的冻存血浆各 10 管,每管体积约 200 μl。同时随机选取期间存储于深低温冰箱的 10 份血凝块标本。
1.1.2 实验试剂 miRNA 专用提取试剂盒miRNeasymini kit 和全血基因组 DNA 提取试剂盒均购自德国 Qiagen 公司;miRNA 逆转录试剂盒购自日本 Takara 公司;Q-PCR 试剂盒购自美国Roche 公司;其中 miRNA 引物由广州锐博公司设计并合成。
1.1.3 仪器 Nanodrop 2000 超微量分光光度计为美国 Thermo 公司产品;Stepone 定量 PCR 仪为美国 ABI 公司产品;Bioptic Qsep100 全自动核酸分析仪为台湾光鼎公司产品 ......
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