关艳，蒙建州，刘忆霜，肖春玲，杨延辉

    近年来，耐药结核病的发病率与死亡率明显回升，使其再次成为严重威胁人类健康的传染病之一。但在过去的 60 多年，仅开发出了两种能用于临床的抗结核药物——贝达喹啉[1]和德拉马尼，因此开发新型抗结核药物任重道远。耻垢分枝杆菌作为模式菌进行抗结核药物的前期筛选评价，具有生长速度快，可在普通实验条件下进行，与结核分枝杆菌的同源性高等优点，发现的诸多抗结核活性化合物也会对耻垢分枝杆菌体现出敏感性，例如苯并噻酮类化合物对结核分枝杆菌和耻垢分枝杆菌都体现出较好的抗菌活性，并且具有较高的抗耐药菌株的能力和极低的毒性[1-3]。因此，可用于抗结核先导化合物的初步快速评价。

    微生物次级代谢产物是开发新型抗生素的重要来源。利用海洋微生物资源，联合使用耻垢分枝杆菌替代模型筛选并发现具有抗结核分枝杆菌活性的次级代谢产物，将为抗生素的开发提供新骨架来源。新菌株的分离鉴定是获得新功能微生物次级代谢产物的前提。由于核糖体 16S rDNA 基因几乎存在于所有原核生物的细胞中，并且在结构上，同时具有相嵌的高度保守区域和可变异或高度变异的区域，在生物进化的漫长历程中相对恒定，可作为生物演化的分子钟。根据 16S rDNA 基因序列的比对来确定原核生物物种之间的亲缘关系，尤其是较远的亲缘关系分析是可靠的[4]。早在 1987年，已有研究者分析了微生物的 16S rDNA 序列间的系统发生学关系，并提出生物分类的三界论：真细菌生物界、古菌生物界和真核生物界[5]。更有学者提出可以应用 16S rDNA 序列对海洋细菌进行种属的鉴定[6]。因此，原核生物的核糖体 16S rDNA基因可被应用于微生物菌株初步鉴定。

    本文从深海底土样中分离得到一株细菌——IMBGY10-46，经抗菌活性评价发现该菌株的发酵产物具有显著抑制耻垢分枝杆菌的特征。对细菌的形态、菌落、16S rDNA 序列同源性、基因组Tm值等进行了研究。再通过构建系统进化树，初步鉴定了其分类进化地位，为进一步从海洋微生物中寻找并开发新型的抗结核药物奠定了基础。

    1 材料与方法

    1.1 材料

    1.1.1 菌株 从印度洋靠近赤道地区(经度85°02'，纬度 11°03'，水深 4888 m)的样品中分离得到；新生霉素敏感型耻垢分枝杆菌 MC2155 由本科室诱变保存。

    1.1.2 主要仪器设备 pico21R 高速低温离心机为美国 Thermo 公司产品；HH-ZK2 电热恒温水浴槽为上海平轩科学仪器有限公司产品；PCR 仪和Gel Doc XR+ 凝胶成像系统为美国 Bio-Rad 公司产品；DYCP-31BN 琼脂糖凝胶电泳仪为北京六一生物科技有限公司产品；实时定量分析仪为澳大利亚 Corbett 公司产品 ......