药用植物珊瑚菜GlAT基因的克隆和生物信息学分析(4)
對珊瑚菜以及拟南芥AT蛋白进行三维建模,见图7A。以5kjt.1.A蛋白作为模体,相似性为26.39%,三维结构包括16个β-折叠、13个α-螺旋、28个无规则卷曲。见表2。预测GlAT蛋白三维结构包含了470个氨基酸,占编码氨基酸总数的97.92%;拟南芥AT蛋白以5kjt.1.A蛋白作为模体,相似性为28.09%,三维结构包括16个β-折叠、15个α-螺旋、30个无规则卷曲,见图7B。预测AT蛋白三维结构包含了459个氨基酸,占编码氨基酸总数的95.42%。以上数据表明,珊瑚菜与拟南芥AT蛋白模型中的二、三级结构十分接近,推测珊瑚菜与拟南芥AT蛋白在功能上可能存在一定的保守性,蛋白功能可能较为相似。4.6 系统进化分析 从NCBI数据库选取代表性植物(含蔷薇科、槟榔科、禾本科、杨柳科、伞形科、菊科、茄科、十字花科、豆科植物)的AT蛋白序列 ......
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