蛋白编码基因和tRNA的数量非常相似，基因组大小的差异主要来源于IR区基因数量的不同[5]。Guo等发现与其他被子植物相比，五味子ycf15基因丢失，IR区明显收缩10 kb，但IR区收缩机制尚不明确，收缩区的GC含量明显低于IR区，推测IR区收缩可能与GC含量相關[8];与2种其他伞形科药用植物相比，滨海前胡的IR区边界明显扩增，并且具有一个625 bp的含有trnD-GUC、trnY-GUA、trnE-UUC基因的短片段倒位[9];此外也有部分物种丢失了IR区，例如豆科植物黄耆只有一个反向重复序列[10]，属于蝶形花亚科中的反向重复序列缺失分支(Inverted Repeat-Lacking Clade)。大多数寄生植物的叶绿体基因组中存在基因丢失现象[11]，这与其光合作用能力的部分或全部退化、从寄主上吸收养分和水分的生活方式有关。例如广寄生和桑寄生，与烟草相比其叶绿体基因组丢失了ndh基因、infA基因、3个rpl基因(rpl32、rps15和rps16)、7个tRNA基因(trnA-UGC、trnG-UCC、trnH-GUG、trnL-GAU、trnK-UUU、trnL-UAA和trnV-UAC)和4个ycf基因(ycf1、ycf5、ycf9和ycf10)[12] ......