基于高通量测序技术研究药食两用薏苡仁中污染真菌多样性(2)
2.2 PCR扩增和高通量测序 提取到的DNA经检验合格后,扩增真菌ITS2序列,引物为ITS3(5′-GCATCGATGAAGAACGCAGC-3′)和ITS4(5′-TCCTCCGCTTATTGATATGC-3′)[11]。PCR扩增程序如下:95 ℃变性5 min;再进行35个循环(95 ℃变性45 s,58 ℃退火50 s,72 ℃延伸45 s);最后72 ℃延伸10 min。将同一样本3个重复的PCR产物混合后用2%琼脂糖凝胶电泳检测,使用DNA凝胶回收试剂盒(Axygen公司,美国)切胶回收PCR产物,Tris_HCl洗脱,2%琼脂糖电泳检测。Illumina MiSeq PE250高通量测序委托北京奥维森基因科技有限公司完成。2.3 数据分析 使用Quantitative Insights into Microbial Ecology(QIIME,Version 1.8,http://qiime.org)软件对测得的fq数据进行过滤处理[12] ......
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