基于网络药理学的生脉散用于COVID-19恢复期治疗的物质基础与作用机制研究(3)
1.2.3 疾病靶标的确定 本研究主要通过文献进行检索和汇总来确定疾病的靶标集。主要的方法包括药理学实验验证、快速筛查B谱系β冠状病毒受体结合域的方法、亲和纯化质谱(AP-MS)[20-24]。1.2.4 靶标蛋白基因名的标准化及化学成分-靶点网络的构建 将预测到的化学成分和COVID-19的靶标运用UniProt(https://www.uniprot.org/)和GeneCards[25]数据库进行基因名的标准化,选择属性为人源蛋白。所有标准化后的靶标删除重复项之后分别作为作为药物靶标集和COVID-19的靶标集。然后,运用Cytoscape 3.2.1[26]软件构建和分析药物-靶点网络。
1.2.5 PPI网络的构建和候选靶点的筛选 为进一步明确潜在药物成分靶标和COVID-19靶点之间的相互作用关系,将筛选出来的化学成分靶点和COVID-19潜在的靶标导入String网络平台[27],选择最高的置信度(Highest_confidence)≥0.9作为条件进行PPI篩选 ......
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