腹泻患者肠道菌群数量变化及E R I C-P C R指纹图谱分析
双歧,条带,定量,1材料与方法,1样品采集,2主要仪器及试剂,3方法,4统计学方法,2结果,1DNA浓度与纯度,2荧光定量PCR,3ERIC-PCR,3讨论
刘海燕 曹海涛 常玉梅 徐 鹏1.解放军第252医院中心实验室,河北保定 071000;2.解放军第252医院医务处,河北保定 071000
腹泻是一种常见病,引起腹泻的原因有多种,大致可分为感染性腹泻和非感染性腹泻,其中感染型腹泻占比较高。感染性腹泻常见的病原菌包括细菌、病毒、真菌、原虫等,其中又以细菌感染为主要感染类型,尤其是在成人腹泻中发生率高。人体菌群失调与腹泻可能存在着某种程度上的因果关系,不同类型的腹泻可能对应着程度不同的菌群数量变化[1-3]。临床上目前大多采用传统的肠道菌群分析方法,需要不同的细菌培养技术,然后进行生化反应鉴定,多种病原菌需要复杂的营养条件,培养操作费时、费力,而且大多数微生物不能很好地培养出来,容易造成假阴性和数量上的偏差,没有成熟的方法完整准确地反映肠道微生物群落的组成情况,采用荧光定量PCR、ERIC-PCR指纹图谱法等分子生态学的方法可有效解决这个问题[4-5]。
1 材料与方法
1.1 样品采集
粪便有白细胞患者(腹泻组)及正常对照者(对照组),粪便样品为2013年7~9月采自解放军第252医院门诊部。腹泻组选自门诊消化科就诊的腹泻患者,对照组选自门诊体检人员,均采自就诊当日,所有样品采集后立即提取基因组DNA,-20℃冷冻保存。所有患者留取粪便标本前均未应用抗生素或微生态制剂。对照组留取粪便标本前2周内无消化道不适症状,且未应用抗生素或微生态制剂。患者资料见表1。
表1 两组一般资料情况
1.2 主要仪器及试剂
粪便基因组DNA提取试剂盒、SYBR Green荧光染料试剂盒均购自北京天根生化科技有限公司,DNA纯化试剂盒、DNA Marker、琼脂糖、PCR 2×PCR Mix购自北京康为世纪生物科技有限公司,实验所需引物为北京天一辉远合成,PCR仪为美国伯乐公司的MyCycler,荧光定量PCR仪为美国AB公司的ABI 7500。
1.3 方法
1.3.1 粪便标本前处理及细菌DNA的抽提 称取2 g粪便加入18 mL无菌PBS,振荡10 min形成粪浆,均匀吸取0.2 g粪浆标本用DNA缓冲液处理,间歇振荡1 min至样本混匀。取上清200 μL ......
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